Bahkan Konohamaru sudah terlihat kedewasaan dalam bertindak cepat dan cermat ketika serangan Pain ke Desa Konoha. Pada saat itu Konohamaru berencana kabur, sebab salah satu Pain sudah menangkap dua jounin Konoha dan membunuhnya.

Namun sial ketika akan kabur, Konohamaru menabrak tiang. Kemudian muncul guru, Ebisu, seolah-olah yang menimbulkan bunyi adalah dirinya. Agar Pain tidak menyadari keberadaan Konohamaru.

Sempat berniat kabur, ternyata Konohamaru kembali dan menyerang Pain yang punya kemampuan mengeluarkan Raja Neraka. Tetapi Konohamaru yang masih muda terpojok.