Ilmuwan Berhasil Mengembangkan Mekanisme Baru Untuk Menonaktifkan Virus Covid-19

Penelitian ini didukung di bawah panggilan IRPHA COVID-19 dari SERB Science and Engineering Research Board (SERB), sebuah badan hukum Departemen Sains dan Teknologi (DST).

Peptida yang dirancang berbentuk heliks, berbentuk jepit rambut, masing-masing mampu berpasangan dengan yang lain dari jenisnya, membentuk apa yang dikenal sebagai dimer. Setiap 'bundel' dimer menghadirkan dua 'wajah' untuk berinteraksi dengan dua molekul target.

Dalam studi yang diterbitkan di Nature Chemical Biology, para peneliti berhipotesis bahwa kedua wajah akan mengikat dua protein target terpisah yang mengunci keempatnya dalam kompleks dan menghalangi aksi target. Tim memutuskan untuk menguji hipotesis mereka dengan menggunakan peptida yang disebut SIH-5 untuk menargetkan interaksi antara protein Spike (S) dari SARS-CoV-2 dan protein ACE2, reseptor SARS-CoV-2 dalam sel manusia.

Protein S adalah trimer – kompleks dari tiga polipeptida identik. Setiap polipeptida mengandung Receptor Binding Domain (RBD) yang mengikat reseptor ACE2 pada permukaan sel inang. Interaksi ini memfasilitasi masuknya virus ke dalam sel.

Peptida SIH-5 dirancang untuk memblokir pengikatan RBD ke ACE2 manusia. Ketika dimer SIH-5 menemukan protein S, salah satu wajahnya terikat erat ke salah satu dari tiga RBD pada trimer protein S, dan wajah lainnya terikat ke RBD dari protein S yang berbeda. 'Cross-linking' ini memungkinkan SIH-5 untuk memblokir kedua protein S secara bersamaan.

Di bawah cryo-EM, protein S yang ditargetkan oleh SIH-5 tampaknya melekat satu sama lain, dan protein lonjakan dipaksa untuk membentuk dimer. Selanjutnya, para peneliti menunjukkan bahwa SIH-5 menonaktifkan virus secara efisien dengan menghubungkan protein lonjakan dari partikel virus yang berbeda.